Der Magen wird anatomisch in fünf Abschnitte unterteilt. Dies sind der Mageneingang (Cardia), der unter dem Zwerchfell etwas höher stehende linke Anteil (Fundus), der Hauptkörper (Corpus), der Abschnitt vor dem Magenausgang (Antrum) und der eigentliche Magenpförtner (Pylorus).

Der Magen dient zum Andauen der Speisen, hier helfen produzierte Enzyme und die Salzsäure. Diese wird von spezialisierten Zellen (Belegzellen) produziert und in das Lumen abgegeben. Je nach Art der Speise ist die Verweildauer im Magen unterschiedlich. Weniger gut verdaubare Speisen haben eine wesentlich längere Verweildauer als z.B. Wasser. Dieses wird entlang der kleinen Kurvatur (Magenbogen an der Zwerchfellnahen Oberseite) am Speisenbrei vorbeigeleitet.
Daneben produzieren bestimmte Zellen des Magens wichtige Hormone. Daneben produziert der Magen den so genannten Intrinsic-Faktor. Dieser wird zur Aufnahme des Vitamin B12 im Dünndarm benötigt.

Neben entzündlichen Veränderungen (atrophische Gastritis, akute Gastritis) können Geschwüre (Ulzerationen) und Wucherungen (Polypen, Karzinom) auftreten. Die letzten beiden können genauso zu einer kompletten Magenwandverletzung (mit Perforation= Austritt von Luft in den Bauchraum) führen wie Einrisse der Schleimhaut (bei Erbrechen vorkommend). Verletzungen des Magens durch äußere Einwirkung sind im Rahmen von Säure oder Laugeningestition möglich oder iatrogen (ärztlich angelegte Ernährungssonde= PEG) verursacht. Veränderungen des Magenausganges (angeboren oder erworbene Überfunktion) können zu Entleerungsstörungen führen.